1.判决书字号
一审判决书：新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市水磨沟区人民法院（2013）水行初字第25号行政判决书。
二审判决书：新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市中级人民法院（2013）乌中行终字第95号行政判决书。

2.案由：税务行政处罚。

3.诉讼双方
原告（被上诉人）：新疆瑞成房地产开发有限公司，住所地：新疆维吾尔自治区乌市长江路2号。
法定代表人：苑某，该公司董事长。
委托代理人：楼某，该公司职员。
委托代理人：袁屹，新疆新屹盛律师事务所律师。
被告（上诉人）：新疆维吾尔自治区地方税务局稽查局，住所地：新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市新民西街154号。
法定代表人：朱某，该局局长。
委托代理人（一、二审）：李某，该局科员。
委托代理人（一审）：彭军，新疆元正律师事务所律师。
委托代理人（二审）：纪国江，新疆公论律师事务所律师。

4.审级：二审。

5.审判机关和审判组织
一审法院：新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市水磨沟区人民法院。
合议庭组成人员：审判长：姚国文；审判员：薛琳、李欣枚。
二审法院：新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市中级人民法院。
合议庭组成人员：审判长：孔祥华；审判员：李静；代理审判员：王海亮。

6.审结时间
一审审结时间：2013年5月28日。
二审审结时间：2014年12月16日。

1.被诉具体行政行为
被告新疆维吾尔自治区地方税务局稽查局对原告作出税务行政处罚决定。其具体内容为：被告于2011年7月20日至2011年9月15日对原告自2009年1月1日至2010年12月31日履行纳税义务情况进行了检查，2012年3月20日至6月25日又对检查情况进行了复核，对原告存在违法事实及处罚决定如下：
“一、违法事实：（一）营业税。1.你公司2010年底预售账款贷方余额21346365.62元，未按规定足额申报缴纳销售不动产营业税，少缴营业税1067318.28元。2.你公司2010年以低于市场价格销售给南苑投资发展有限公司离退休职工住宅，应按同期市场价格进行调整补缴营业税，调整金额2494258.77元，少缴营业税124712.94元。3.你公司2010年6月收取客户利息30000.00元，直接冲减开发成本，应按收取价外费用补缴营业税1500.00元。4.你公司2010年11月收取借款利息719897.00元，少缴营业税35994.85元。5.你公司2010年取得的设备租赁收入50000.00元，少缴营业税2500元。6.你公司2010年应交营业税3831898.93元，2011年已缴纳2027894.95元，企业申报未缴纳营业税1804003.98元。你公司以上行为违反了《中华人民共和国营业税暂行条例》的第一条、第四条、第十二条的规定，造成少缴2010年营业税3036030.05元的违法事实。（二）城建税。你公司2010年度未按规定足额申报缴纳营业税3036030.05元，造成附征的城建税少缴。此行为违反了《中华人民共和国城市维护建设税暂行条例》的第二、三、四条规定，造成少缴2010年城建税212522.10元的违法事实。（三）教育附加费。你公司2010年度未按规定足额申报缴纳营业税3036030.05元，造成附征的教育费附加少缴。此行为违反了《关于征收教育费附加的暂行规定》的第二条及《国务院关于修改〈征收教育附加的暂行规定〉的决定》第一条规定，造成少缴2010年教育费附加91080.90元违法事实。（四）地方教育费附加。你公司2010年度未按规定足额申报缴纳营业税3036030.05元，造成附征的地方教育费附加少缴。此行为违反了《新疆维吾尔自治区关于征收地方教育费附加的管理办法》第二条之规定，造成少缴2010年地方教育费附加30360.30元的违法事实。（五）印花税。1.公司2009年签订的产权转移合同未足额申报缴纳印花税，少缴印花税150.10元。2.你公司2010年与交通银行签订5000万元借款合同未申报缴纳印花税，少缴印花税2500.00元。3.你公司2010年企业签订的产权转移书据未申报缴纳税款，少缴纳印花税21007.40元。你公司以上行为违反了《中华人民共和国印花税暂行条例》第一、二、三条的有关规定，造成少缴2009年—2010年印花税23657.50元（其中2009年150.10元、2010年23507.40元）的违法事实。（六）房产税。1.你公司2009年售楼部自用部分的房产原值为584550.00元，少缴房产税9820.44元（其中2009年4910.22元、2010年4910.22元）。2.你公司2010年7月1日从新疆万鑫房地产开发有限公司购入办公楼两层，共计7150883.00元，少缴房产税25028.09元；3.你公司2010年5月起使用部分开发房产用于办公，房产原值为781860.00元，少缴房产税3831.11元。你公司以上行为违反了《中华人民共和国房产税暂行条例》的第一、三、四条规定，造成少缴2009—2010年度房产税38679.64元（其中2009年4910.22元、2010年33769.32元）的违法事实。（七）土地使用税。1.2009年你公司开发的蓝天二期、蓝天三期未售房建筑面积占用的土地，少缴土地使用税37131.20元。2.2010年7月你公司购置新疆万鑫大厦15楼、18楼作为办公楼，15楼建筑面积840.132平方米，18楼建筑面积638.851平方米，容积率4.05，折算为所占土地面积为365.18平方米，应缴纳土地使用税1825.90元未申报缴纳。3.2010年下半年你公司申报的土地使用税135073.41元未缴纳入库，少缴纳土地使用税135073.41元。你公司以上行为违反了《中华人民共和国土地使用税暂行条例》的第二、三条规定，造成少缴2009—2010年度土地使用税174030.51元（其中2009年37131.20元、2010年136899.31元）的违法事实。（八）土地增值税。1.2009年你公司取得的蓝天三期预收款100465230.35元，未按照规定预缴土地增值税502326.15元。2.2010年你公司未按预收账款申报预缴土地增值税，造成少预缴普通住宅土地增值税103079.77元，非普通住宅土地增值税7304.11元。3.2010年你公司以低于市场价格销售给南苑投资发展有限公司离退休职工住宅，应按同期市场价格进行调整，其中属于蓝天三期的预收收入502982.7元，应补缴土地增值税2514.91元。4.2011年你公司对蓝天二期土地增值税进行了清算。经检查需调减成本扣减为2260624.44元，需调增成本扣减为63579.12元，调整后应补缴土地增值税190440.66元。你公司以上行为违反了《中华人民共和国土地增值税暂行条例》的第二条、第三条、第十条的有关规定，造成少缴2009—2010年土地增值税805665.60元（其中2009年502326.15元、2010年112898.79元，查补2011年190440.66元）的违法事实。（九）个人所得税。1.2009年—2010年你公司多次发放奖金和年薪时未按规定代扣代缴个人所得税，少扣少缴个人所得税38119.7元（其中，2009年26415.08元，2010年11704.62元）。2.2009年—2010年你公司在业务往来及其他活动中，为其他单位和部门的有关人员发放现金、实物或有价证券，对个人取得该项所得，未按规定代扣代缴个人所得税，少扣缴个人所得税102565.72元（其中：2009年60921.00元，2010年41644.72元）。”
“二、处罚决定：对你单位的违法事实，我局认为：事实清楚，证据确凿。作出如下处罚决定：根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十四条第二款 ‘纳税人不进行纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款’的规定，对你公司少缴2009—2010年营业税、城建税、印花税、房产税、土地使用税、土地增值税（查补数），合计1610002.80元，处以少缴款一倍的罚款计1610002.80元。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十九条 ‘扣缴义务人应扣未扣、应收未收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款的百分之五十以上三倍以下罚款’的规定，对你公司应扣未扣个人所得税102565.72元（其中，2009年60921.00元，2010年41644.72元。）处以一倍的罚款102565.72元。以上应缴款项共计1712568.52元。限你（单位）自本决定书送达之日起15日内到乌鲁木齐市地方税务局稽查局缴纳入库。到期不缴纳罚款，我局（所）将依照《中华人民共和国行政处罚法》第五十一条第（一）项规定，每日按罚款数额的百分之三加处罚款。”

2.原告诉称
原告新疆瑞城房地产开发有限公司（以下简称瑞成房产公司）诉称：（1）税务局作出的“税务行政处罚决定书”程序违法。根据《税收征收管理法》的相关规定，税务机关应当先行确认违法事实，制作并向纳税人送达“税务处理决定书”，责令纳税人补缴税款及滞纳金，然后依据所确认的违法事实，制作并向纳税人送达“税务行政处罚事项告知书”，最后才能制作并向纳税人送达“税务行政处罚决定书”。在本案中，税务局于2011年12月30日先行作出“税务行政处罚事先告知书”，时隔半年后方才作出“税务行政处理决定书”，明显程序倒置。另，税务局在作出处罚前亦未给予我方陈述、申辩的权利和申请回避的权利，程序明显违法。（2）税务局错误地认定我方2010年未按规定申报销售不动产营业税及附加共计1610002.80元并处以1倍的罚款错误。我方于2010年年底向乌鲁木齐市沙依巴克区地税局（以下简称沙区税务局）进行了预收房款的纳税申报，沙区地税局考虑到税收任务已经完成等因素，要求我方“压税”、来年再交。2011年年初，我方将该此项预收账款向沙区地税局申报了纳税，并在税务局进点稽查前已经完税（即税务自查时已经对营业税及附加缴纳完毕），根本不存在其所谓“不申报、不缴或少缴应纳税款”行为。为此，我方多次向税务局出具证明，重申该事实，但其视而不见，仍对我方处以重罚无理。（3）新疆南苑投资发展有限公司（以下简称南苑公司）前身为自治区供销社运输公司，后企业改制，原企业离退休职工收入低，住房条件长期得不到改善。离退休职工多次到政府机关及相关部门上访，要求改善住房条件。为解决信访及群众住房突出之问题，自治区人民政府及上级主管部门要求我方帮助解决此部分离退休困难职工的住房问题，故我方以低于当时市场20%的价格向该部分离退休职工售房。此举应为企业解决社会矛盾的善意之举，却被税务局认定为“无正当理由的低价售房行为”并以此为由对我方进行处罚无理。（4）《税收征收管理法》第六十九条明确规定：“扣缴义务人应扣未扣、应收而未收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款的百分之五十以上三倍以下的罚款。”2012年6月29日，税务局作出“税务处理定书”，已要求我方全额补缴了应由纳税人缴纳的个人所得税，应视同我公司代扣代缴了个人所得税。但税务局仍对我方应扣未扣个人所得税102565.72元的行为处以1倍罚款显属错误。（5）根据《税收征收管理法》的相关规定，土地增值税的征管方式是先预缴，待房地产项目开发完毕后进行汇算清缴，多退少补。我方向主管税务局提交了2009—2010年开发项目预缴土地增值税汇算的清缴报告，并报送地税局，地税局受理后并未提出异议，之后我方缴清了所有土地增值税。税务局此次税务稽查并未涉及2011年，稽查过程中我方多次向税务局反映此事，但税务局置之不理，仍然错误地对我方处以重罚实属错误。请求依法撤销税务局作出的新地税稽罚（2012）12号“税务行政处罚决定书”，并由税务局承担本案的诉讼费。

3.被告辩称
被告新疆维吾尔自治区地方税务局稽查局辩称：（1）我方作出的具体行政行为合法，不存在瑞成房产公司所述的程序违法问题。（2）瑞成房产公司少缴2009年度至2010年度地方各税4412026.6元属实（其中，营业税3036030.05元，城建税212522.10元，教育费附加91080.90元，地方教育附加30360.30元，印花税23657.50元，房产税38679.64元，土地使用税174030.51元，土地增值税805665.60元；未按规定代扣2009年—2010年个人所得税140685.42元）。我局依据《税收征收管理法》第六十四条第二款之规定，于2012年10月31日作出少缴税款、未扣个人所得税的税务行政处罚决定正确。（3）根据《国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关政策规定的通知》（国税发[2003]89号）第二条第（四）项和第二条第（一）项的规定，瑞成房产公司未按规定申报缴纳，造成少缴房产税；未按规定申报缴纳，造成少缴土地使用税；企业申报的2010年下半年土地使用税135073.41元未缴纳入库，应补缴土地使用税；未按规定申报缴纳印花税，造成少缴印花税等。瑞成房产公司已经确认并在我局下达税务处理决定书前、后补缴、补扣了少缴税款。故我局根据《税收征收管理法》第六十四条第二款、第六十九条的规定对瑞成房产公司实施处罚，合法有据。综上，我局作出的税务行政处罚决定，事实清楚，适用法律、法规正确，程序合法。请求依法驳回瑞成房产公司的诉讼请求。

1.二审诉辩主张
（1）上诉人诉称
上诉人新疆维吾尔自治区地方税务局稽查局（以下简称税务局）诉称：1）原审法院认定我方违反法定程序，未依《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第九条的规定，向对方告知其享有回避的权利实属错误。《中华人民共和国税收征收管理法》第十二条规定：“税务人员征收税款和查处税收违法案件，与纳税人、扣缴义务人或者税收违法案件有利害关系的，应当回避。”国家税务总局《税务稽查工作规程》第七条规定：“税务稽查人员有《税收征收管理法细则》规定回避情形的，应当回避。被查对象要求税务稽查人员回避的，或者税务稽查人员自己提出回避的，由稽查局局长依法决定是否回避。稽查局局长发现税务稽查人员有回避情形的，应当要求其回避。稽查局局长的回避，由所属税务局领导依法审查决定。”以上规定说明了申请回避非税务机关的法定告知程序。事实上，我局在对瑞成房产公司稽查过程中，也未发现稽查人员有回避的情形，且瑞成房产公司也未向我方提出回避申请，故我方在实施税务稽查过程中，未违反法定程序。2）原审法院认定我方越权核定被查企业营业额错误。《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条规定：“纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：（一）依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的；（二）依照法律、行政法规的规定应当设置账簿但未设置的；（三）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；（四）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的；（五）发生纳税义务，未按规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；（六）纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。”《中华人民共和国营业税暂行条例》第七条规定：“纳税人提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产的价格明显偏低并无正当理由的，由主管税务机关核定其营业额。”《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》第二十条规定：“纳税人有条例规定第七条所称的价格明显偏低并无正当理由或者本细则第五条所列视同发生应税行为而无营业额的，按下列顺序确定营业额：（一）按照纳税人最近时期发生同类应税行为的平均价格核定：（二）按其他纳税人最近时期发生同类应税行为的平均价格核定；（三）按下列公式核定：营业额=营业成本或者工程成本×（1+成本利润率）÷（1-营业税税率）公式中的成本利润率，由省、自治区、直辖市税务局确定。”综上，我局在实施税务检查的过程中核定的是营业额，而非价格，营业额与价格相关联，但并非同一概念。原审法院混淆了核定营业额与核定价格两个概念，以价格非税务部门认定的职权为由认定我局超越职权错误。3）瑞成房产公司的起诉超过法定诉讼期限。公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当在知道作出具体行政行为之日起3个月内提出。在本案中，我方于2012年10月31日作出新地税稽罚字[2012]12号“税务行政处罚决定书”，瑞成房产公司应在2013年2月5日之前向法院提起诉讼。而原审法院于2013年3月8日受理此案。故瑞成房产公司向人民法院提起诉讼已超过法定期间。综上，原审法院判决错误，请求二审法院依法改判。
（2）被上诉人辩称
被上诉人瑞成房产公司辩称：1）上诉人税务局对我方的稽查及处罚过程违反法定程序。其在稽查过程中，未依法告知我方有申请回避的权利，将我方作为稽查对象的选案不合法，未做到公开、公正，且其税务稽查的“检查”“审理”均超过法定期限。2）我方主观上不存在偷逃2010年度营业税款1067318.28元及附加税的故意。我方之所以未足额缴纳上述税款，是因为我方正常申报时，我方的税务登记部门乌鲁木齐市沙依巴克区地税局称其当年征税任务已完成，为了“压库”，让我们在次年即2011年再申报缴纳。对此，我方有乌鲁木齐市沙依巴克区地税局的证明为证。上诉人税务局置此事实于不顾，在明知我方税款已补缴的情况下，再次对我方处以1067318.28元的营业税及附加税的罚款明显属认定事实错误。3）我方与南苑公司均为新疆果业集团有限公司下属控股公司。南苑公司企业改制后，离退休职工收入低，住房条件差，且集体上访，造成了不良的社会影响。相关部门及领导均要求我方慎重并妥善处理此事。2010年，上级主管单位新疆维吾尔自治区供销社（以下简称自治区供销社）提出给这些退休的上访老职工享受优惠售房政策。我方在接到上级主管单位自治区供销社的同意批复后，在我方开发的蓝天森林花苑项目中，按照当时市场销售价下浮20%的价格，对这些老职工优惠售房。鉴于此，我方从大局出发，在开发的项目中，对这些老职工购房予以了相应的优惠，此举应为化解纠纷之善举。我方在收到“税务处理决定书”后，无奈地又补缴了营业税124712.94元。但令我方没有想到的是，税务局却对此又以“无正当理由，明显低于市场价”售房为由，对我方再次科以124712.94元的罚款，显失公平。税务局作为行政机关无权就我方售予生活困难的老职工的房屋是否明显低于市场价作出评价，原审认定其超越职权并无不当。4）我方在法定期间向人民法院提起诉讼有据可查，税务局称我方起诉超过法定期间与事实不符。综上，请求二审法院驳回上诉人的上诉请求，维持一审判决。

2.二审事实和证据
新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市中级人民法院经审理，确认一审法院认定的事实和证据。
另查明：（1）瑞成房产公司的税务登记机关为乌鲁木齐市沙依巴克区地税局。本案上诉人税务局在对瑞成房产公司进行税务检查时，乌鲁木齐市沙依巴克区地税局于2011年9月19日出具证明，该证明载明：我分局管户瑞成房产公司因我局原因造成税款2329213.50元未及时入库。
（2）2013年9月16日，上诉人税务局以新地税发[2013]221号文，向国家税务局递交了《〈新疆自治区税务局执法时是否要告知纳税人申请回避权等问题〉请示函》，该文载明：“（一）关于申请回避是否是税务机关在实施检查过程中的法定告知程序？（二）关于税务核定营业额是否属于越权执法的问题。”同年11月4日，国家税务总局办公厅以税总办函[2013]783号文，就上诉人税务局在函文中请示的相关问题予以答复。其主要内容为：“1.关于回避问题的规定。目前，现行法律法规尚未将告知申请回避权作为税务机关执法必定的法定程序，且在税务机关统一适用的各种执法文书中，均没有告知回避的内容。2.关于税务机关核定营业额是否属于超越执法权的问题。《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条第一款第六项规定，纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的，税务机关有权核定其应纳税额。《中华人民共和国营业税暂行条例》第四条、第五条规定，营业税以营业额为计税依据，营业额为纳税人收取的全部价款和价外费用；第七条规定，纳税人提供应税劳务的，由主管税务机关核定其营业额。《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》第二十条规定，纳税人有条例第七条所称价格明显偏低并无正当理由或者本细则第五条所列视同发生应税行为而无营业额的，税务机关可以确定其营业额。”根据上述规定，价格是计算营业税计税依据营业额的基础，税务机关只有认定价格偏低，才能认定营业额是否偏低并确定是否适用核定、是否征收。据此，税务机关认定价格偏低并核定营业额的行为不属于越权执法。
（3）2013年11月28日，上诉人税务局以新地税发[2013]287号文向国家税务总局递交《关于征收营业税核定营业额有关问题的请示》，该文载明：“我区在税务稽查过程中，发现某房产开发公司销售给原拥有土地使用权单位职工（含特定关系人）的部分商品的价格，与向其他社会个人销售同类商品房的价格相差较大，税务机关依法核定了其营业额征收营业税。纳税人认为，低价销售的商品房，虽销售价格明显低于市场价格，但其是依据房屋原拥有土地使用权单位的主管部门的批复定价的，应属正当理由，税务机关不应按核定的营业额征收营业税。我们认为，该房地产开发公司低价将商品房销售给原拥有土地使用权单位职工的行为，应属关联企业间违反独立交易原则所进行的交易。因此，该房地产开发公司以原拥有土地使用权单位的主管部门的批复为依据低价销售商品房，不属于正当理由……”2013年12月24日，国家税务局办公厅以税总办函[2013]884号文，给上诉人税务局复函，该文载明：“你局《关于征收营业税核定营业额有关问题的请示》收悉。经研究，意见如下：纳税人将同类商品房销售给关联企业职工或与该纳税人有特定关系的自然人，价格明显低于销售给其他无关联关系的购房者的价格的，属于《中华人民共和国营业税暂行条例》第七条所称价格明显偏低并无正当理由的情形，主管税务机关可以按照《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》第二十条的规定核定其营业额”。
（4）南苑公司的前身系自治区供销社下属的全民所有制企业，企业名称为新疆供销社储运工贸公司。2002年该公司改制为新疆南苑商贸有限责任公司，公司股权结构为自治区供销社、职工持股会及民营资本共同持股。后公司更名为新疆南苑投资发展有限责任公司。2004年3月，自治区供销社决定由下属控股公司新疆绿园果业有限责任公司（后更名为新疆果业集团有限公司）投资控股新疆南苑商贸有限责任公司，瑞成房产公司为新疆果业集团有限公司下属控股公司。
（5）2010年2月11日，新疆果业集团下发新果集发[2010]06号《对新疆南苑公司离退休职工要求集资建房等问题的反馈意见》，该文与本案相关联的主要内容为：“因南苑公司不符合现行集资建房的政策规定，经公司董事会研究，按照现行房屋均价每平方米优惠600元对南苑公司离退休职工优惠售房。”2010年3月12日，自治区供销合作社给新疆果业集团公司下发新供联发[2012]132号《关于新疆南苑投资发展有限公司离退休职工申请购房的报告》的批复，该文件的主要内容为：虽南苑公司离退休职工不符合集资建房条件，但考虑到南苑公司老职工收入低、住房条件差、生活困难多，考虑到他们工作多年，为供销合作事业作出过贡献的实际情况，切实解决信访突出问题，维护社会大局稳定，同意你公司关于南苑公司离退休职工申请购房的请求，售房价格在2009年12月份价格的基础上优惠20%向南苑公司离退休职工售房。
（6）2010年3月12日，瑞成房产公司召开董事会会议，并形成决议，全体董事同意南苑公司离退休职工购房，销售价格在2009年12月份销售价格的基础上优惠20%。
（7）被上诉人瑞成房产公司于2012年11月7日收到上诉人税务局对其作出的“行政处罚决定书”，同年2月5日向原审法院提起诉讼。
上述事实有下列证据证明：
（1）税务局作出的“行政处罚决定书”；
（2）原审法院的预立案审批表；
（3）税务局向国家税务总局办公厅的请示函及复函；
（4）一、二审庭审笔录；
（5）当事人陈述。

3.二审判案理由
新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市中级人民法院经审理认为：
第一，关于瑞成房产公司提起诉讼是否超过起诉期限的问题。
当事人应当在法定期间就其主张的权利向人民法院提起诉讼，否则，当事人亦将因诉讼时效届满而丧失胜诉权。根据《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，公民、法人或者其他组织对具体行政行为不服，直接向人民法院起诉的，自当事人知道作出具体行政行为之日起，诉讼时效为3个月。在本案中，瑞成房产公司于2011年11月7日收到税务局作出的处罚决定，其于2012年2月5日向原审法院提起诉讼，有原审法院预立案登记表、立案审批表在卷为证。故上诉人税务局关于瑞成房产公司向人民法院提起诉讼已超过法定期间的上诉理由与事实不符，不予支持。
第二，关于税务机关在稽查过程中未向纳税人告知申请回避权是否违反法定程序的问题。
《中华人民共和国税收征收管理法》第十二条规定，税务人员征收税款和查处税收违法案件，与纳税人、扣缴义务人或者税收违法案件有利害关系的，应当回避。《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第八条规定：“税务人员在核定应纳税额、调整税收定额、进行税务检查、实施税务行政处罚、办理税务行政复议时，与纳税人、扣缴义务人或者其法定代理人、直接责任人有下列关系之一的，应当回避：（一）夫妻关系；（二）直系血亲关系；（三）三代以内旁系血亲关系；（四）近姻亲关系；（五）可能影响公正执法的其他利害关系。”从上述法律规定不难看出，此法律规定系税务机关在进行税务检查过程中相关的回避规定，是基于保障国家税权而对税务人员提出的法定要求，即当回避情形出现时，税务人员应当主动自行回避，否则，将承担法律责任。目前现行法律、法规尚未将告知申请回避权作为税务机关执法必经的法定程序，故一审法院以税务局未向瑞成房产公司告知回避申请为由认定税务机关违反法定程序欠妥，予以纠正。
第三，关于瑞成房产公司向新疆南苑投资发展有限公司离退休职工让利销售房屋，是否属纳税人申报的计税依据“明显偏低，又无正当理由”的问题。
《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条第（六）项规定，“纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的”，“税务机关有权核定其应纳税额”。在本案中，瑞成房产公司应其上级主管部门要求，为解决企业老职工住房困难，化解信访突出问题，经上级主管部门批准、瑞成房产公司董事会研究决定给老职工售房价格让利20%的证据确凿，事实清楚。上述法律规定，虽规定纳税人申报计税依据明显偏低又无正当理由的，税务机关有权核定其应纳税额，但法律、法规对“计税依据明显偏低”没有具体标准，对“无正当理由”亦无没有明确的界定。况且，南苑公司前身为自治区供销社运输公司，系改制的国有企业，其离退休职工收入低，住房条件长期得不到改善，为此多次到新疆维吾尔自治区人民政府和自治区供销社上访，要求改善住房条件已是不争的事实。在此情况下，瑞成房产公司在降低企业收入的情况下，以低于同期销售价格20%向南苑公司离退休职工优惠售房并无不当，此举应视为瑞成房产公司解决老国企退休职工住房困难、防止群体事件发生、化解社会矛盾的善意之举。税务局简单地将此认定为“明显低于市场价格，无正当理由的”，并以此为由对瑞成房产公司处以124712.94元营业税罚款显属不当，其对“无正当理由”的认定属滥用行政处罚权。
第四，关于瑞成房产公司答辩所称：（1）税务局在税务稽查中，“检查”“审理超过法定期限”；（2）税务局将其列为稽查对象的选案未公开、公正，程序不合规、合法；（3）税务局未依法对其申辩情况记录或制作“陈述申辩笔录”，其处罚程序倒置；（4）“税务行政处罚决定书”对瑞成房产公司于2011年蓝天森林花苑二期土地增值税清算、补缴的土地增值税190440.66元处以1倍罚款错误，违反了国家税务总局《关于印发〈土地增值税清算管理规程〉的通知》（国税发[2009]91号）第三十条、第三十一条、第三十二条的规定，违反了《税收征收管理法》第五十二条的规定，同时亦违反了《土地增值税暂行条例实施细则》第十九条第二款即纳税人不如实申报房地产交易额及规定扣除项目金额，造成少缴或未交缴税款的，按照《税收征收管理法》第四十条的规定进行处理的规定等相关问题。
上述所列问题系瑞成房产公司在一、二审期间均向法院主张的事由，但原审法院未对上述问题加以认定，瑞成房产公司亦未对此提起上诉，故对上述问题，二审不予审理。
第五，关于税务局在二审中向法庭递交的其向国家税务局的请示及国家税务局办公厅复函的效力认定问题。
人民法院审理行政案件，以法律和行政法规、地方性法规为依据，同时参照国务院部、委根据法律和国务院的行政法规、决定、命令制定、发布的规章，以及省、自治区、直辖市和省、自治区的人民政府所在地的市和经国务院批准的较大的市的人民政府根据法律和国务院的行政法规制定、发布的规章。对此，《中华人民共和国行政诉讼法》第五十二条、第五十三条已作出明确规定。在本案中，税务局向本院递交的国家税务总局办公厅税总办函[2013]783号及税总办函[2013]884号复函，非人民法院审理行政案件所适用的法律依据，也非人民法院审理行政案件所参照的规章，且税务局向其上级主管部门的请示内容并未客观、全面地反映案件事实，故该两份复函不能作为定案的依据。
综上，本院认为：税务局作为国家税收征管机关，除依法征收税款之外，通过税收征管服务，创造良序的税企关系，促进企业健康、可持续地发展，是税务机关的另一项重要职责。综观本案税务局作出的“税务行政处罚决定书”，将瑞成房产公司以低于市场价格销售给退休老职工的房屋，简单地定性为“无正当理由，明显低于市场价格”，属认定事实不清，主要证据不足。原审法院判决主文正确，应予维持。上诉人税务局的上诉理由不能成立，应予驳回。

4.二审定案结论
新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市中级人民法院依照《中华人民共和国行政诉讼法》第六十一条第（一）项之规定，作出如下判决：
驳回上诉，维持原判主文部分。
本案二审案件受理费50元（税务局已交），由税务局负担。